加入溶液时 , 立即出现白色絮状沉淀 , 经轻柔混匀后 , 沉淀漂浮在EP管上部 。
3、 电泳时可以明显观察到蓝色条带在电泳槽里由负极向正极移动 , 这是因为DNA双螺旋分子骨架两侧带有含负电荷的磷酸根 。
所以 , 电泳时必须注意凝胶摆放的位置 , 应将点样孔靠近负极方向摆放 。
2种Maker所含DNA条带大小已在上图标记 。
2、质粒DNA提取过程中 , 染色体DNA、蛋白质、RNA等物质仍有部分残留 , 质粒DNA有超螺旋、开环、线性三种不同的状态 , 这些因素导致实验组中每种样品都可以观察到多条带 。
下面以我们组(JD-4)为例 , 通过横向对比 , 由上至下对每一条带进行分析1)蛋白质条带点样孔附近可以观察到其周围有微弱荧光 , 表明纯化后的质粒DNA仍含有少量蛋白质 。
电泳时 , 由于蛋白质分子较大 , 很难通过琼脂糖分子筛 , 所 。
22、以残留在点样孔处 。
残留的蛋白质经EB染色后 , 在紫外下可看到荧光 , 由于含量比较少 , 所以荧光比较弱 。
2)染色体DNA条带在点样孔至23130bp的条带间可以观察到微弱的条带 , 其条带位置同样与14泳道的DNA相近 , 该条带代表的是残留的染色体DNA 。
其分子量比质粒DNA大很多 , 所以在琼脂糖凝胶中移动速度较慢 , 条带靠近点样孔 。
3)三种构型质粒DNA条带在4361bp至2000bp条带间可以看到两条带上面一条颜色很浅 , 条带大小在4300bp左右 , 为开环DNA分子;下面一条颜色很亮 , 条带大小接近1900bp , 与第三泳道的PUC19位与同一水平 , 为超螺旋DNA分子 。
23、 , 可以推测在两条带间应还有一线性DNA分子条带 , 大小接近2500bp 。
正常情况下 , 由于没有专门的限制酶切割DNA分子 , 所以线性DNA分子比较难形成 。
在细菌体内 , 质粒DNA是以负超螺旋构型存在的 。
在琼脂糖凝胶电泳中不同构型的同一种质粒DNA,尽管分子量相同 , 但具有不同的电泳迁移率 。
其中跑在最前沿的是共价闭合DNA , 其后依次是线性DNA和开环DNA,其原因是共价闭合的DNA其空间位阻最小 , 所以跑得最快 。
而开环DNA空间位阻最大 , 所以跑得最慢 。
4RNA条带图示中第15和16泳道为未加RNA酶的样品 , 可见在500-100bp范围内有宽而亮的条带 , 该条带为RNA条带 。
本组中 , 均加过RNA酶 , RNA分解比 。
24、较彻底 , 仅在100bp左右有一条很模糊的带 。
(四)实验小结综合以上分析 , 可以看出我们组(JD-4的实验结果所得的质粒DNA纯度还算理想 。
染色体DNA和双链开环DNA含量少 , 蛋白质含量相对多一些 。
质粒DNA条带比较亮 , 其亮度大约为商品PUC19的3-4倍 , 故可以推测 , 提取的质粒DNA浓度为PUC19浓度的3-4倍 。
【思考】1、质粒提取过程中 , 实验重要试剂及操作步骤的意义和作用 。
溶液的作用葡萄糖使溶液密度增加 , 悬浮后的大肠杆菌不会快速沉积到管子的底部;维持渗透压 , 防止细胞提前破裂 , 防止DNA受机械剪切力作用而降解 。
EDTA是Ca2和Mg2等二价金属离子的螯合剂 , 可抑制DNase的活性 , 抑制微生物的 。
溶液的作用NaOH使细胞膜发生了从bilayer(双层膜)结构向micelle(微囊)结构的相变化导致细胞溶解 。
同时 , 强碱性使染色体DNA、质粒DNA和蛋白质变性;SDS为下一步沉淀做铺垫 。
又SDS专门喜欢和蛋白质结合 , 平均两个氨基酸上结合一个SDS分子 , 钾钠离子置换所产生的大量沉淀自然就将绝大部分蛋白质沉淀了 , 此外大肠杆菌的基因组DNA也一起被 。
标题:质粒|质粒DNA提取纯化及验证( 四 )