有关前列腺癌能活多久的geo数据

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【摘要】:目的:利用生物信息学方法分析前列腺癌能活多久转移高表达基因SPP1以及蛋白的结构,为进一步研究其功能和参与的调控机制提供一定的理论依据方法:在公共基因芯片数据库(GEO)中下载前列腺癌能活多久转移相关基因芯片数据,利用BRB-Array Tools软件、protparam、Motif Scan、Signal Protein、GO、KEGG、STRING等生物信息学工具进行数据挖掘及生物信息学分析。结果:共筛选出前列腺癌能活多久转移共同差异基因73个,表达上调21个,表达下调52个(P0.01),其中对前列腺癌能活多久转移高表达基因SPP1进行生物信息学分析发現,SPP1蛋白由314个氨基酸组成,该蛋白含有2个N-连接糖基化位点、8个酪蛋白激酶II磷酸化位点、3个PKC磷酸化位点,主要参与细胞外基质结合、骨化、成骨细胞分化、细胞黏附、PI3K-Akt信号通路、黏着斑、ECM受体相互作用、Toll样受体信号通路等分子功能和信号通路结论:利用生物信息学的方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息,SPP1可能在前列腺癌能活多久转移中发挥重要作用,有望成为前列腺癌能活多久转移的早期诊断标志物和治疗嘚新靶点。


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【摘要】:目的采用权重基因共表达网络分析方法(WGCNA)挖掘不同前列腺特异抗原(PSA)水平下的前列腺癌能活多久发展枢纽基因方法数据来自NCBI的GEO数据库中下载不同PSA水平下的前列腺癌能活多久全基因组表达数据集,经过数据预处理后,用WGCNA构建基因共表达网络,识别不同PSA水平下的前列腺癌能活多久发展模块与枢纽基因。结果篩选出的差异基因聚集成一个模块,并且找到10个枢纽基因结论结合文献发现,SNAI2、TRIM29、LAMB3、CYP3A5和SLC14A1这5个基因很可能影响不同PSA水平下前列腺癌能活多久的發展。


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