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【求助】哈温平衡(HWE)的P值如何计算
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谢谢分享。验证了，虽然具体P值和好些原文不完全一致，但差异已经很小了。值得初学者使用。
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亲，想问下是怎么算的
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zxyapple 论坛里有计算软件按基因型填一下就好了您好，请问知道了病例和对照组的AA.AT.TT的例数，在软件上1/1，1/2，2/2的位置分别要输入什么数值呢，谢谢。
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summerdreams 亲，想问下是怎么算的
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zwl_620 summerdreams 亲，想问下是怎么算的谢谢你，问题之前已经解决了
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关于丁香园markdown（2）
怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）
library(SNPassoc)
Loading required package: haplo.stats
Loading required package: survival
Loading required package: mvtnorm
Loading required package: parallel
data(SNPs)
查看SNPs的数据
[1:10,1:9]
idcascosexblood.preproteinsnp10001snp10002snp10003snp10004
75640.52TT
28688.22TT
17279.59TT
27253.99CT
38066.57TT
11132.90TT
29973.43TT
31114.29CT
41768.55TT
mysnp &- snp(SNPs$snp10001,sep="")
summary(mysnp)
Genotypes:
frequency percentage
frequency percentage
HWE (p value): 0.2816392
可以看到，snp10001，T的频率是0.754，C的频率是0.245. 该位点的哈温平衡测试p值为0.28，说明该位点符合哈温平衡。
参考知识库
* 以上用户言论只代表其个人观点，不代表CSDN网站的观点或立场
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排名：千里之外
原创：10篇
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&&查看话题
请问POPGENE能否计算出是否符合哈温平衡呢，我用荧光引物做SSR
各位大神，我用荧光引物做SSR，群体扩增后，用POPGENE分析数据，但就是不知道POPGENE能否检测出是否符合哈温平衡啊，请教各位了
我也点了，只是看不出来是否符合哈温平衡啊&&你做过这个么
在每个位点分析结果下面有一个卡方检验，p值&0.05就表明显著偏离哈-温平衡，反之则表明该群体在该位点上满足哈-温平衡，如果所检测的位点都满足哈-温平衡，那么我们就说这个群体是随机交配群体（random mating population）
* Overall @ Locus : Loci1& &&&*
============================================================
Genotypes& & Obs. (O)& &Exp. (E)& &(O-E)?E& &&&2*O*Ln(O/E)
============================================================
(A, A)& && && && & 0& &&&0.0000& && & 0.0000& & 0.0000
(B, A)& && && && & 0& &&&0.0415& && & 0.0415& & 0.0000
(B, B)& && && && & 1& &&&0.2284& && & 2.6072& & 2.9535
(C, A)& && && && & 0& &&&0.0277& && & 0.0277& & 0.0000
(C, B)& && && && & 1& &&&0.3322& && & 1.3426& & 2.2042
(C, C)& && && && & 0& &&&0.0969& && & 0.0969& & 0.0000
那个(O-E)?E& &就是卡方值吧，怎么看P值啊&&求大哥指教
* Overall @ Locus : Loci1& &&&*
============================================================
Genotypes& & Obs. (O)& &Exp. (E)& &(O-E)?E& &&&2*O*Ln(O/E)
============================================================
(A, A)& && && && & 0& &&&0.0000& && & 0.0000& & 0.0000
(B, A)& && && && & 0& &&&0.0415& && & 0.0415& & 0.0000
(B, B)& && && && & 1& &&&0.2284& && & 2.6072& & 2.9535
(C, A)& && && && & 0& &&&0.0277& && & 0.0277& & 0.0000
那个 (O-E)?E就是卡方值吧，怎么看P值啊 求大哥指教
* Population : 1 @ Locus : 1& & *
============================================================
Genotypes& & Obs. (O)& &Exp. (E)& &(O-E)?E& &&&2*O*Ln(O/E)
============================================================
(A, A)& && && && & 0& &&&9.2581& && & 9.2581& & 0.0000
(B, A)& && && && &10& &&&6.3226& && & 2.1389& & 9.1692
(B, B)& && && && & 0& &&&0.9785& && & 0.9785& & 0.0000
(C, A)& && && && &32& & 17.1613& && &12.8305& &39.8771
(C, B)& && && && & 4& &&&5.7204& && & 0.5174& &-2.8620
(C, C)& && && && & 1& &&&7.5591& && & 5.6914& &-4.0455
============================================================
Chi-square test for Hardy-Weinberg equilibrium :
& & Chi-square :& && && && &&&31.414782
& & Degree of freedom :& && & 3
& & Probability :& && && && & 0.000001
* Population : 1 @ Locus : 2& &&&*
============================================================
Genotypes& & Obs. (O)& &Exp. (E)& &(O-E)?E& &&&2*O*Ln(O/E)
============================================================
(A, A)& && && && &23& & 21.6774& && & 0.0807& & 2.7243
(B, A)& && && && & 2& &&&2.7527& && & 0.2058& &-1.2777
(B, B)& && && && & 0& &&&0.0645& && & 0.0645& & 0.0000
(C, A)& && && && &16& & 17.8925& && & 0.2002& &-3.5773
(C, B)& && && && & 2& &&&1.1183& && & 0.6952& & 2.3254
(C, C)& && && && & 4& &&&3.4946& && & 0.0731& & 1.0805
============================================================
Chi-square test for Hardy-Weinberg equilibrium :
& & Chi-square :& && && && &&&1.319476
& & Degree of freedom :& && & 3
& & Probability :& && && && & 0.724514
在你列出来的表的下面就有一个哈-温平衡的卡方检验，就上面这部分，你主要看 Probability (p值)，如果小于0.05或0.01，就表明该位点显著偏离哈-温平衡，上面 (Locus 1) 我举的例子就显著偏离哈-温平衡。再看下面这个位点 (Locus 2 ) 就满足哈-温平衡。
Chi-square test for Hardy-Weinberg equilibrium :
& & Chi-square :& && && && &&&
& & Degree of freedom :& && & 210
& & Probability :& && && && & 0.000000
Likelihood ratio test for Hardy-Weinberg equilibrium :
& & G-square :& && && && && & 149.397436
& & Degree of freedom :& && & 210
& & Probability :& && && && & 0.999459
Chi-square test for Hardy-Weinberg equilibrium :
& & Chi-square :& && && && &&&6.143678
& & Degree of freedom :& && & 28
& & Probability :& && && && & 0.999996
Likelihood ratio test for Hardy-Weinberg equilibrium :
& & G-square :& && && && && & 4.843880
& & Degree of freedom :& && & 28
& & Probability :& && && && & 1.000000
我这两个位点，一个P值是0 一个是0.999996&&怎么回事啊&&大哥你可知道
这是正常现象，涉及的原因就很多了！如果你检测的群体为真正的天然野生群体，样本足够大，个体间基本满足随机交配，那么我们在进行哈温检验时已将其假定为满足哈温平衡群体，在此基础上，你对这些位点进行检测，发现某位点不满足哈温平衡，我们主要将原因归结为该位点可能就有哑等位基因（null allele), 进而使某些alleles 无法扩增出来，在卡方检验时alleles的比例不满足二项分布，从而表现出偏离哈温平衡。
如果我想它满足哈温平衡 该怎么做呢
我这个是野生天然群体
不满足哈温平衡的原因很多，建议你看看《群体遗传学》方面的书籍！这不是你想他满足哈温平衡他就满足的，这反映的是一种客观现象！当然样本量太少，也可能导致不满足哈温平衡，你可以考虑加大样本量再检测分析！如果加大样本量还不行，证明这个位点存在哑等位基因，或者这个群体在该位点上受到了一定的选择作用（包括人为或自然原因），导致其不满足哈温平衡！
哦 好的 受教啦 谢谢
请问下 GENEPOP ON THE WEB 那个软件上的&&Markov chain parameters& &数值根据什么设置啊&&按照那上面默认的么
是的，就用它预设的默认值即可！
没有啊 我只用POPGENE 和 GENEPOP
大神您好。感觉您对popgene很是精通，所以想请教您一个问题。
我在多态性条带统计的时候，我每个样品用不止一对引物扩增，每对引物都能扩增出一些位点。已经都统计成0，1了。那么问题来了，在输入popgene数据文本的时候，每一行代表一个样品，那是每个样品不同引物扩增出的所有位点都输入在一行上么？不知道大神能不能理解我的意思。
谢谢大神。
popgene的说明书上有不同类型的数据输入格式（说明书p25-p27)，你可以先看看有咩有你需要的类型，然后照着输入！
关于请问POPGENE能否计算出是否符合哈温平衡呢，我用荧光引物做SSR的相关话题在小木虫APP已经有57位虫友给出了详细回复。
赶快查看回复吧！
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