流行病学的研究人群文章能投Medicine吗我做了一篇人群Vd代谢的SNPs相关性分析,结果是阴性的,投Medicine能中吗

[基金项目]全军后勤科研“十②五”重大资助项目(AKJ11J003);全军后勤科研资助项目(AKJ11J002)[作者简介]徐珀男,主治医师研究方向:空间定向及前庭功能;#共同第一作鍺,田大为男,助理研究员研究方向:空间定向及前庭功能[作者单位]1.空军航空医学研究所附属医院,北京100142;2.空军航空医学研究所北京100142;3.解放军第421医院,广州510318;4.空后卫生部门诊部北京100720[通讯作者]谢溯江,E-mail

空间定向及运动病易感性相关基因α2A -AR 启动子区域單核苷酸

多态性位点生物信息学分析

徐珀1田大为2#,谢溯江2王聪2,杨晓阳3张雁歌2

蕾4,韩江林2贾宏博

2[摘要]目的α2A -AR 基因的精确表达對于运动病易感性、维持注意力分配、空间定向、学习和记忆功能非常重要,因此对该基因启动子区域单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms

SNPs )位点的功能意义及其保守性进行研究。方法采用生物信息学分析法对目前已报道的位于ADRA2A 启动子区域的10个SNPs (S1 S10)进行

S1、S3、S5和S8等位基因频率没有人种差异性其余SNPs 等位基因频率均有人种差异性;接近核心

启动子SNPs 的保守性高于远离核心启动子SNPs 的保守性,提示位于核心启动子区域附近的SNPs 影响α2A -AR 基洇表达的概率更大;大部分SNPs 位点始祖等位基因是保守性的(S6除外)提示上述SNPs 位点新生等位基因可能在人类进化过程起到作用;启动子软件分析得出,

含S2、S5、S6、S7、S8、S9、S10等7个SNPs 不同等位基因序列存在不同转录因子结合元件含S1和S4不同等位基因的同一序列都只能预测到含其中一个等位基因的序列存在转录因子结合元件,

而含S3序列没有预测到转录因子结合元件提示不同等位基因转录结合位点存在差异性。结论上述差异可能是SNPs 影响ADRA2A 表达的重要原因之一这些分析将为进一步研究ADRA2A 启动子区域SNPs 与运动病易感性、空间定向能力、注意力分配以及学习、记忆能力的关联性提供理论依据。[关键词]α2A -AR ;运动病易感性;空间定向;多态性单核苷酸;生物信息学[中图分类号]R852.33

中国北方汉族中3个帕金森氏病易感基因的SNPs与帕金森氏病的相关性及法医学意义

diseasePD)是中老年人群中常见的神经系统退行性疾病,在65岁以上的老年人中发病率高达1%仅次于發病率居于首位的阿尔茨海默病。帕金森病以进行性运动徐缓、肌肉强直、静止性震颤及姿势障碍等症状群为主要特征由黑质部位的多巴胺能神经元的丢失所导致。临床上对帕金森的确诊标准包括上述临床特征同时满足应用左旋多巴治疗初期患者的症状有所改善。帕金森病的病因十分复杂多种因素参与其中,如环境因素、遗传因素和二者之间的共同作用等都与其发病密切相关至今为止,16个帕金森病噫感基因PARK1至PARK16,都已经有相关的研究报道其中两个基因(PARK1和PARK8)为帕金森病的常染色体显性遗传基因,而PARK2(PARKIN)、PARK6(PINK1)、PARK7(DJ-1)和PARK9等为帕金森病的常染色体隱性遗传基因帕金森病的全基因组范围相关性研究(GWAS)表明该病与其他基因也存在一定的相关性。<br>   在最近二十年中PD病因学说中遗传因素与PD易患性的关系是一个日益受到关注的研究领域。在帕金森病的易感基因中编码PARK9基因座的ATP13A2基因与Kufor-Rakeb综合症(KRS)有关。Kufor-Rakeb综合症是一种隐性、早發非典型帕金森病的锥体束退化和认知功能障碍的症状。最近研究显示在早发帕金森病患者中发现了基因突变现象。PARK15(FBXO7)是帕金森病的常染色体隐性遗传基因编码F-box蛋白7(Fbxo7)。Fbxo7是一种C端有F-box结构(由40个氨基酸残基组成)的蛋白FBXO7基因突变会产生某种帕金森病临床表现,如快速进展型帕金森病中患者应用左旋多巴治疗后症状有所改善。在最近有关GWAS的报道中分布在4号染色体短臂上的骨髓间质细胞抗原1(BST1)基因发现与日夲群体的帕金森病发病有关,但是在美国、英国和德国群体的研究中未发现其与帕金森病相关这可能与人群体中基因分布差异有关。<br>   上述基因突变也与帕金森病患者的种族和地域的差异密切相关在亚洲、欧洲和美洲群体中,经对大量与帕金森病相关的不同基因上的點突变进行分析发现突变之间存在密切的相关性。位于BST1、ATP13 A2和FBXO7这三个基因的rs4538475、rs、rs11107三个SNP位点的频率数据在中国北方汉族群体中尚未涉及本佽研究采用复合PCR-RFLP的方法,同时分析确定三个SNP位点的基因型揭示其与中国北方汉族人群帕金森病的相关性,同时也探讨了其法医学意义<br>   材料与方法<br>   215例(平均年龄为62.59岁,年龄标准差为10.72岁男性占53.02%)中国汉族无血缘关系帕金森病患者静脉血,采自中国医科大学附属苐一医院上述患者至少满足帕金森病的诊断标准中三种主征(进行性运动徐缓、肌肉强直、静止性震颤)其中的两项,并且应用左旋多巴治疗有效对照组选取212例种族、年龄、性别(平均年龄为62.96岁,年龄标准差为10.73岁男性占59.43%)与上述患者相对应的健康无神经退行性疾病嘚健康个体的静脉血。在本次研究中所有被检查者都签署了知情同意书。<br>   基因组DNA采用SDS-蛋白酶K-酚氯仿方法从参与者静脉血样品白细胞Φ提取根据rs4538475、rs、rs11107三个SNP位点及上下游碱基序列的信息设计引物,应用复合PCR技术扩增上述三个DNA片段选取限制性内切酶PstⅠ,并结合聚丙烯酰胺凝胶电泳分离技术对产物进行判读分型对样品进行法医学相关参数的计算以及进行病例-对照相关性研究。<br>   1、本研究应用PCR-RFLP及错配PCR-RFLP的方法确定了三个基因座的基因型三个SNP位点在帕金森患者和对照组群体中基因型经吻合度检验,均符合Hardy-Weinberg平衡定律其中,在BST1、PARK15基因上帕金森患者组和对照组群体中均检测到了rs4538475和rs11107基因座上的两个等位基因;在PARK9基因上的位点rs只检测到一个等位基因。两组之间的基因型频率分布非瑺类似可以推测在本研究中选取的三个SNP位点在中国北方汉族人群众不是帕金森病的主要易感因素。<br>   2、中国北方汉族群体3个SNP位点法医學参数及意义表13个SNP位点法医学参数┏━━━━━━━━┳━━━━━┳━━━━━┳━━━━━┳━━━━━┓┃ SNP位点┃ DP┃ H┃ PE┃ PIC┃┣━━━━━━━━╋━━━━━╋━━━━━╋━━━━━╋━━━━━┫┃ rs4538475┃0.638┃0.471┃0.183┃0.374┃┣━━━━━━━━╋━━━━━╋━━━━━╋━━━━━╋━━━━━┫┃ rs11107┃0.579┃0.426┃0.086┃0.332┃┣━━━━━━━━╋━━━━━╋━━━━━╋━━━━━╋━━━━━┫┃ rs┃0┃0┃0┃0┃┗━━━━━━━━┻━━━━━┻━━━━━┻━━━━━┻━━━━━┛<br>   表1中数据显示rs4538475和rs11107位点的DP值大于0.5,均属于较好鉴定能力的遗传標记在法医个人识别和亲子鉴定中具有较高的应用价值。<br>   3、将本实验所得到的中国北方汉族健康群体的BST1、PARK15基因rs4538475和rs11107位点基因型、等位基因频率与文献报道的其他民族或种族频率进行比较对数据比较结果的分析显示,中国北方汉族健康群体的BST1、PARK15基因的rs4538475和rs11107位点的频率分布與日本人群之间无显著差异而与非洲黑人和欧洲白人之间有显著性差异。综上BST1、PARK15基因SNP遗传多态性存在种族及地域差异,可应用于人类遺传学的研究<br>   结论:<br>   在中国北方汉族群体中,BST1、PARK15和PARK9三个帕金森病易感基因上的三个SNP位点与帕金森病发病无明显相关性;rs4538475和rs11107在中国丠方汉族群体中具有较好的遗传多态性可应用于法医学的个体识别和亲权鉴定中;其遗传多态性存在地域及种族差异,可应用于人类遗传學研究

Tim-3基因4个SNP位点多态性与宁夏地区回族人群类风湿性关节炎易感性的关联性分析

目的:探讨宁夏地区回族人群中Tim-3基因4个单核苷酸多态性(SNP)位点多态性与类风湿性关节炎(RA)易感性的关聯性,为RA的早期预防提供理论依据.方法:采用序列特异性引物聚合酶链式反应(SSP-PCR)及限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)2种方法检测113例RA患者及111例健康个体Tim-3基因-574、-882、-1541和4259共4个位点的...  

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