 上传我的文档
 下载
 收藏
该文档贡献者很忙，什么也没留下。
 下载此文档
正在努力加载中...
AutoDock4.2分子对接模拟官方使用教程中文版（Bioms小组翻译）
下载积分：2500
内容提示：AutoDock4.2分子对接模拟官方使用教程中文版（Bioms小组翻译）
文档格式：PDF|
浏览次数：377|
上传日期： 00:37:03|
文档星级：
该用户还上传了这些文档
AutoDock4.2分子对接模拟官方使用教程中文版（Bioms小组
官方公共微信Autodock+Vina与Discovery+Studio在虚拟筛选耐药蛋白抑制剂中的比较 -博泰典藏网
典藏文档　篇篇精品
Autodock+Vina与Discovery+Studio在虚拟筛选耐药蛋白抑制剂中的比较
导读：Ｖｉｎａ与ＤｉｓｃｏｖｅＩｙＳｔｕｄｉｏ在虚拟筛选，耐药蛋白抑制剂中的比较，摘要：随着大量与细菌耐药相关的基因的发现和其表达蛋白结构的成功测定，从已有的化合物中通过计算机模拟方法筛选对耐药蛋白靶点有作用的候选化合物，虚拟筛选在耐药基因抑制剂的发现中可以提高效率、降低实验成本，本文介绍了ＡｕｔｏｄｏｃｋＶｉｎａ和Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙｓｔｕｄｉｏ在基于分子对接，并对比分析其对Ｂ一内酰胺酶活性位点的筛
第１０卷第４期
２年１２月
Ｃｈｉｎｅｓｅ
生物信息学
ＪｏｕｍａｌｏｆＢｉｏｉｎｆ０珊ａｔｉｃｓ
Ｖ０１．１０Ｎｏ．４Ｄｅｃ．．２０１２
ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２―５５６５．２０１２．０４．０５
Ａｕｔｏｄｏｃｋ
Ｖｉｎａ与ＤｉｓｃｏｖｅＩｙＳｔｕｄｉｏ在虚拟筛选
耐药蛋白抑制剂中的比较
黄勇１，陈晨１，张志毅１，童贻刚１’＋，赵勇２，８
（１．军事医学科学院微生物流行病研究所，北京１０００７１；２．国家人类基因组北方研究中心，北京１００１７６
摘要：随着大量与细菌耐药相关的基因的发现和其表达蛋白结构的成功测定，从已有的化合物中通过计算机模拟方法筛选对耐药蛋白靶点有作用的候选化合物，成为了药物发现的一个标准途径。虚拟筛选在耐药基因抑制剂的发现中可以提高效率、降低实验成本。本文介绍了ＡｕｔｏｄｏｃｋＶｉｎａ和Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙｓｔｕｄｉｏ在基于分子对接法的虚拟筛选中的使用，并对比分析其对Ｂ一内酰胺酶活性位点的筛选结果。希望通过这种比较促进虚拟筛选在药物设计领域中的应用，提高耐药基因抑制剂的发现
关键词：虚拟筛选；分子对接；Ａｕｔｏｄｏｃｋ中图分类号：Ｑ５１８．２
文献标识码：Ａ
Ｖｉｎ８；Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ
Ｓｔｕｄｉｏ；抑制剂
文章编号：１６７２―５５６５（２０１２）一０４―２４８―０６
ＣｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆａｕｔｏｄｏｃｋＶｉｎａａｎｄｄｉｓｃｏＶｅｒｙｓｔｕｄｉｏｉｎＶｉｒｔｕａｌ
ｓｃｒｅｅｎｉｎｇｆｂｒａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｐｒｏｔｅｉｎｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ
ＨＵＡＮＧＹｏｎ９１，ＣＨＥＮＣｈｅｎｌ，ＺＨＡＮＧＺｈｉ―ｙｉｌ，ＴＯＮＧＹｉ―ｇａｎ９１一，ＺＨＡＯＹｏｎ９２＇＋
（１．ｍ彬增加疵Ⅱ￡ｅｏ，肘如ｒ０６ｉｏｚｐｇｙ帆ｄ印ｉ如ｍｉｏｆｏ肜，Ａｃｏｄｅ州ｏ，埘觑ｏｒｙ胁ｄｉｃｏｆｓｃｉｅ聊ｅ，曰ｅ狮ｇ
１０００７１，∞ｉｎⅡ
２．醌ｉ嬲ｅ№￡ｉｏｎｏＺ舭啪ｎ＆加砌＆ｎ帆眈撕增ｌ００１７６，Ｃ＾ｉＭ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｗｉｔｈｔｈｅ
ｈａｓｂｅｃｏｍｅ
ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇｄｉｓｃｏｖｅｒｙｏｆａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｇｅｎｅａｎｄ
ｓｃｒｅｅｎ
ｄｅｔｅｍｉｎａｔｉｏｎ
ｏｆｔｈｅｐｍｔｅｉｎｓｔｌｌｌｃｔｕｒｅｓ，ｉｔ
ｓｔａｎｄａｒｄｉｚｅｄｓｔｒａｔｅｇｙ
ｐｏｔｅｎｔｉａｌｐｒｏｔｅｉｎｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓｆ而ｍｅｘｉｓｔｉｎｇｃｏｍｐｏｕｎｄｓｕｓｉｎｇｃｏｍｐｕｔｅｒ
ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．Ｖｉｒｔｕａｌｓｃｒｅｅｎｉｎｇｉｎｄｉｓｃｏｖｅｒｙｉｎｇａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｐｒｏｔｅｉｎｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓｈｅｉｇｈｔｅｎｔｈｅｅｍｃｉｅｎ―
ｃｙａｎｄｒｅｄｕｃｅ
ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ
ｃｏｓｔ．
ＩｎｔｈｉｓｐａｐｅｒｗｅｉｎｔｒｏｄｕｃｅｔｈｅｕｓｉｎｇｏｆＡｕｔｏｄｏｃｋＶｉｎａａｎｄＤｉｓｃｏｖｅｒｙＳｔｉｕｄｉｏｉｎ
Ｖｉｒｔｕａｌｓｃｒｅｅｎｉｎｇｂａｓｅｄｏｆｍ０１ｅｃｕｌａｒｄｏｃｋｉｎｇ，ａｎｄａｎａｌｙｓｉｓｔｈｅｓｃｒｅｅｎｉｎｇｒｅｓｕｌｔａｇａｉｎｓｔＢ一１ａｃｔａｍａｓｅｓａｃｔｉｖｅｓｉｄｅｓ．
ＷｅｈｏｐｅｔｈｉｓｗｉＵｈｅｌｐ
ｉｍｐｒｏｖｅｔｈｅａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｖｉｒｔｕａｌｓｃｒｅｅｎｉｎｇｉｎｄｒｌｌｇｄｅｓｉｇｎ，ａｎｄｔｏａｃｃｅｌａｒａｔｅｔｈｅｆｉｎｄｉｎｇ
ｓｐｅｅｄｏｆａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｐｒｏｔｅｉｎｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ
Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｖｉｒｔｕａｌｓｃｒｅｅｎｉｎｇ；ｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｏｃｋｉｎｇ；ＡｕｔｏｄｏｃｋＶｉｎａ；ＤｉｓｃｏｖｅＩｙＳｔｕｄｉｏ；ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ
随着蛋白组学研究的快速发展，越来越多的蛋白质结构得以解析。基于特定药物靶点蛋白质结构分析的药物开发受到了广泛的重视。药物虚拟筛选技术是利用计算机对小分子化合物与靶标位点之间的结合进行化学评价的技术。由于其在药物开发过
程中具有缩小化合物范围和实验数量，缩短研发周
期，降低实验成本等巨大优势，虚拟筛选已是目前设
计新药的一种标准途径。１１。用于虚拟筛选的软件
很多，常用的有ＡｕＴＯＤＯＣＫ。２。、ＩｃＭ、ＧＯＬＤ、Ｄｉｓｃｏｖ―
ｓｔｕｄｉｏ¨ｏ（后面简称Ｄｓ）等。ＤＳ是由Ａｃｃｅｌｒｙｓ公
司开发的面向生命科学领域的一款大型综合模拟软
收稿日期：２０１２―０２―２０；修回日期：２０１２―０３一０７
资助项目：国家自然科学基金（８１０７２３５０）；”重大新药创制”科技重大专项”十二五”实施计划（２０１１ｚｘ０９４０１一０２３）；病原微生物生物安全国家重点实验室开放课题（ｓＫＬＰＢｓｌｌｌ３）；“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”科技重大专项”十二五”实施计划（２０１１ｚｘｌｏ００４一００１）。作者简介：黄勇，男，硕士。研究生物信息学，Ｅ―ｍａｉｌｙｏｎｇ．ｈｕａｎ９１９８７＠ｇｍａｉｌ．ｃｏｍ。陈晨，女，硕士，Ｅ―ｍａｉｌ：ｃｈｒｉｓｔ－７＠１２６．ｃｏｍ￥通讯作者：童贻刚，男，教授，硕导，Ｅ―ｍａｉｌｔｏｎｇ．ｙｉｇａｎｇ＠ｇｍａｉｌ．ｃｏｍ。赵勇，男，加拿大，研究生物信息和计算生物学，Ｅ―ｍａｉｌ
ｇｍａｉｌ．ｃｏｍ
ｙｏｎｇｚｈａｏｌ６８＠
勇，等：ＡｕｔｏｄｏｃｋＶｉｎａ与ＤｉｓｃｏｖｅｒｙＳｔｕｄｉｏ在虚拟筛选耐药蛋白抑制剂中的比较
件，主要用于蛋白质结构功能研究。ＤＳ软件中不同功能的流程被模块化并高度集成，为研究者提供了极大的方便，是目前研究人员比较看好的一款蛋白结构分析软件、本文使用的是ｗｉｎｄｏｗｓ系统版本
Ｉ）Ｓ２．５”。Ａｕｔｏ（Ｉ‘’（．ｋＶｉｎａ。４１ｔｍｕｌａｒ
袋的寻找和定义，本文利用的是ＭＧＬＴｏｏｌｓｌ．５．４‘‘ｏ。。图ｌ、２分别表示利用ＤＳ和ＭＧＬＴｏｏｌｓｌ．５．４对１ｘｘ２一Ｂ受体活性口袋的指定，指定步骤如下：（１）指定受体分子；（２）寻找活性位点；（３）设定活性口袋范围。
Ｊ（后面简称Ｖｉｎａ）是Ｍｏ．
Ｇ１．ａｐ｝１斌实验室开发的一款开源免费程序。
它具有准确性离，速度快等优点，是目前免费软件巾被使用较多的一种分子对接和虚拟筛选软件。鉴于上诉的基本情况，我们选用１）ｓ和Ｖｉｎａ这两种软件，分析其在虚拟筛选中的表现，并以Ｂ一内酰胺酶为靶标，从化合物库ｌ｝ｌ筛选潜在的Ｂ一内酰胺酶抑制剂，对比分析两者的筛选结果。
１准备配体
类药性（（１１．ｕｇ―ｌｉｋｅ）是抑制刹的必要特征，限于汁算机的运算能力，我们存构建配体库时只取具有类药性的配体分子。日前有收录类药性配体分子的数据库很多，如ＺＩＮＣ５、ＣｈＥＭＢＬ｜６、ＡＣＤ―ＳＣ等。ＺＩＮＣ数据库集合了能够购买得剑的化合物，其巾化合物经过了分类和去冗余，我们从该网站获取
图ｌ¨ｇ．１
Ｉ）ｓ指定的１）（ｘ２一Ｂ的结合位点。
Ｂｉｌｍｌｇ
ｓｉ¨ｏＩｌｘｘ２一Ｂａｐｐｏｉｎｔｅ（１ｂｙＤｓ
ｒ?ｈｎ―ｄｍ；｛一ｌｉｋｅ子类下以９０％的相似度去冗余的
小分子化合物（总共１６３，８４０个），其数据格式为ＳＭｌＩ．ＥＳ格式。我们利用Ｏｐｅｎ
ｂａｂｅｌ
２．３．０‘７’软件
将ＳＭｌｌ。ＥＳ格式的小分子转化为ＭＯｌ２格式的小分子，）ｆ二在参数１１１设定添加氢原子、３Ｄ坐标。ＤＳ能够￡ｉ：｛ｊｌ识别并使用含有多个配体的配体文件，但是Ｖｉ．ｎａ每次只能歧取单一的ｐｄｌ）（１ｌ格式的配体。所以我仃Ｊ冉利用软件Ｒａ“，ｏｏｎ―１．Ｏ将ＭＯｌ２格式的配体义件转化为独市的ｐ（１ｂｑｔ格式的文件。
Ｖ№借助Ｍ（：¨１ｔｗ，㈧．５．４对ｌｘｘ２一Ｂ的结合位点的指定。
ｌｌｉｒｌ‘ＩｉＩｌｇｓｉｌｔｌ
ＰＤＢ数据库是曰前最主要的蛋白质分子数据
Ｆ瞬２ｏｆＩｘｘ２一ｌｌｉＩⅢｌＩｎｌｃ【ｌｂ、ｒ
Ｌ－ｓ吣Ｍ【；Ｌ１ｉｍＩｓｌ．５．４
ＤＳ集成了蛋白质的表征、同源建模、分子力学
库，目前共收录Ｊ，７万余种品体。我们从中检索并卜．载与耐药相关的蛋白质，小文以ＩＤ号为ｌｘｘ２（ｐ９９ｐ一内酰胺酶）耐药蛋白为例。ｌｘＸ２是从阴沟肠杆菌（Ｅｌ恤１．Ｉ）ｂａｃｌｅｒｃｌｏａｃａｅ）中分离的Ｂ一内酰胺酶，其在阴沟肠杆菌【ｆｌ的表达显薯地提高了杆菌的耐药能力。８Ｉ。ｌＸｘ２共Ａ、Ｂ两条链，其中Ｂ链（以下简称ｌｘＸ２一Ｂ）被报道与ｌＸＸ２蛋白的耐药性有火９。提取ｌＸ）（２一Ｂ后删除其Ｅ的水分子、氢原二产、结合物。存寻找表面活性ｌＪ袋的过程中，ＤＳ能够住指定一个分子为配体的情况下自动对配体分子进行热点寻找，然后列出所有潜在的结合位点。而
计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具、基于小分子的药物设计工具等大量模块，用广１可以根据自己的任务选择调用合适的模块。基于结构药物设计工具“ｂＤｏｃｋ适用于对大规模数据库进行快速精确的虚拟筛选。ＬｉｂＤｏｃｋ根据小分子构象与受体相互作用热区（ＨｏＩｓｐｏｔ）匹配的原理将这些构象刚性对接到受体的结合ｕ袋当中。在Ｌｉｌ，Ｄｏｃｋ图形选项框中设置准备好的ｌｘ）（２一Ｂ受体分子和ＭＯＬ２格式的配体文件，选择合适的参数，点占运行按钮即可开始筛选。
Ｖｉｎａ在ｌｉｎｕｘ系统Ｆ只需输入其要求的命令行
相比之下，Ｖｉｌｌａ只能借助第ｉ方软件实现对活性口
２５０生物信
即可运行。受体文件和受体活性口袋的空间位置等信息被写在一个文本里（ｃｏｎ矗ｇ文件）。由于Ｖｉｎａ每次只能处理一个配体分子，因此可以通过多线程的方式加快运算速度。图３展示了ＤＳ的参数设置和Ｖｉｎａ的并行运算指令。ＤＳ的ｌｉｂｄｏｃｋ模块中可以设定并行线程数（Ｐｍｃｅｓｓｅｓ）、热点数、对接参数等。当ＤＳ开始执行运算时，可以关闭当前文件的窗口、输出的结果会存放到默认输出位置。Ｖｉｎａ的
运行方式三个方面。由于现有实验条件的限制，我们将两种软件安装在不同计算机上运行。从表ｌ所示的运行速度可以看出，ＤＳ在８线程同时运行的情况下耗时远远小于Ｖｉｎａ在１３２线程同时运行所耗的时间。
Ｔａｂｌｅ１
ＤＳ和ｖｉｎａ运行速度比较
ＳｐｅｅｄｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆＤＳａｎｄＶｉｎａ
参数相对较少，并需要借助第三方软件如Ｐｙｍｏｌ、
ＭＧＬ．Ｔｏｏｌｓ、Ｄｓ等才能查看每个分子的对接情况。
Ｐｏｒａ■６ｔｅｒ丫ａｌｕｅ
计算机参数
ＨＰｘＷ９４００
运行方式总嘞司（时）８线程并行运算
１０．２７?
Ｔ＿作站；
ＷｉｎｄｏｗｓＸＰ：
８ｃｐｕ（２．６ＧＨＺ）＋８Ｇ
１职２＿Ｂ：ＩＸｘ２一Ｂ
Ａ】血４７００５
ｌ亚洲亍运算
２０２．４３
Ｓｐｅｃｌｆｌｅｄ
Ｃ＾ＥＳｎ
暖■１ｎ１＿１ｚ时１０ｎ由＾ｄｖａｎｃｅｄ
１３６ｃｐｕ（１．６６ＧＨｚ）＋
Ａｌ￡ｏｎｔｈ
ｎｏｔ■１ｎ１■１ｚｅ
日Ｐ牡ａｌｌｅｌＰｒｏｃｅｓ乱Ｍ
Ｔｒｕｅ２５
１０ｃａＵ、ｏｏｔ８Ｔｒｕｅ
?Ｄｓ在运行Ｉｉｂｄ”ｋ对接时对计算机内存占用量较大，导致所有配体分子无法?次性完成对接。这里我们将含有１６３．８４０个配体分子的ＭＯＬ２文件均分成４个文件，分别对ｌｘ）（２一Ｂ的活性位点对接，并将４次的运行时间相加。
国Ｓｅｒ聃ｒ
Ｐｒｏｃｅｓｓ●ｓＰｒｅｓｅｒｖｅ０ｒｄｅｒ
ｂｒｆｌｎ呻ｎ广ｐ由球：曲
础ｏＰｍ翻‘Ｂ?ｎｇ岫ｎｄ轴ｒ删ｒ币，ｂ
■怕－ｃｏｒｌＩｊ９，ｘ吐。邮幻Ｍ－＾驴ｎｄｓｆ，―ｏｕｌ￥扣ｙ叫ｔｐ血ｑｌ＆
ｂ＝奄＊目’ｍ
Ｓｆ．ｐｄｂ堪‘
４．２结果对比
Ｖｉｎａ的输出结果有三项：结合能（娟ｎｉｔｙ）及两
种标准差（ＲＭｓＤ），结合能越小对接越好Ｈ１。Ｄｓ的
结果含有绝对能量（ＡｂｓｏｌｕｔｅＥｎｅｒｇｙ）、相对能量（ＲｅｌａｔｉｖｅＥｎｅ啦ｒ）、对接得分（“ｂｄｏｃｋＳｃｏｆｅ）等参数。由于配体的数量巨大，两种方法得到的结果在高分值区段差异不明显。我们分别选取两种结果中
Ｄｓ的参数设置和Ｖｉｎａ的并行运算指令
Ａ：Ｄｓ的参数设置。Ｂ：Ｖｉｎａ的并行运算指令。
Ｆｉｇ３ＰａｒａｌｌｌｅｔｅｒｓｏｆＤＳａｎｄｔｈｅｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌｃｏｍｍａｎｄｏｆＶｉｎａ
最好的前４００个配体，通过分析发现存在２２个共有的配体，如表２所示。
４．１运行速度比较
虚拟筛选的速度取决于算法函数、计算机硬件、
Ｖｉｎａ和ＤＳ前４００位筛选结果中共有的２２个配体
Ｔａｂｌｅ２
Ｍｕｔｕａｌ２２Ｉｉｇａｎｄｓｏｆｔｈｅｔｏｐ４００ｒｅｓｕｌｔｓ
：，篙。署
（ｋｃａＬ／ｍ０１）
ＺＩＮＣ４＿４４５４７８ｌ一８．４１１７．４３９６
ＺＩＮＣ４４２２６７４０一８．３ｌ１９．３０２３
勇，等：ＡｕｔｏｄｏｃｋＶｉｎａ与ＤｉｓｃｏｖｅｒｙＳｔｕｄｉｏ在虚拟筛选耐药蛋白抑制剂中的比较
５ＺＩＮＣ３８７５４５１８
―８．２１１９．８２７５
ＺＩＮＣ３８６８０８３０―８．４
１１７．６７７
ＺＩＮＣ３８６７７１９１―８．２１１９．５００３
ＺＩＮＣ３８４８９１４２
―８．３１１７．２９１ｌ
９ＺＩＮＣ３８０３５２１１
―８．２１１７．０８９７
ＺＩＮＣ３５５９７９１３
―８．５１１７．６６９９
∥≮：：≯＼／。＼／＼．一一弋＝∥
ＺＩＮＣ３３０２８５２９―８．３１１９．４６８３
ＺＩＮＣ３２９９６５３８
―８．６１１７．３２０５
ＺＩＮＣ３０６３８５８８―８．４
１１８．７６７７
ＺＩＮＣ２３１４１７４ｌ
一８．２１１６．３８４４
ＺＩＮＣ２０４２７７１２
１１９．５１１２
２５２生物信
序号小分子序号
Ｖｉｍ结合能
（ｋｃａＬ／ｍ０１）
Ｄｓ筛选得分
配体化学式
ＺＩＮＣ２０４２７１５２
１７ＺＩＮＣｌ２７９３４１４
１８ＺＩＮＣ０９３５８３０７
１９ＺＩＮＣ０８３５５６６０
１１７．８２３２
ＺＩＮＣ０５６０５１０６
１１６．５０９４
２１ＺＩＮＣ０３２６７９６７
２２ＺＩＮＣＯ００５６２９５
Ｌ√一沁厂
将这２２个共有配体以两种筛选方法下的排序
４∞３印３∞２印２∞１印１∞
次序制作散点分布图，结果显示序号为１的配体分
子ｚＩＮＣ４４９８５４９６在坐标图中最靠近原点（图４），说
明两种方法筛选中，该分子与受体间的结合都很好。４．３受体一配体结合对比
对与１号分子ｚＩＮＣ４４９８５４９６，我们利用ＤＳ软件打开受体和配体文件，分别分析两种软件下，ｚＩＮＣ４４９８５４９６与１ＸＸ２一Ｂ的受体一配体结合模式，如图５所示，
从上述的对接可以看出，两种软件中配体分子都能对接到受体分子的活性位点，且配体的构象一
致。１ｘｘ２一Ｂ的活性口袋由ＴＹＲｌｌ５０、ＡＲＧｌｌ４８、
ＡＬＡｌ２９２、ＴＨＲｌ３１６、ＬＹＳｌ３１５、ＨＩＳｌ３１４、ＧＬＵｌ２７２、
Ａｕｔｏｄｏｃｋ
Ｖｉｎａ筛选结果次序
Ｆｉｇ．４
２２个配体在两种筛选方式中的排序
ＬＥｕｌ２７４、ＶＡＬｌ２８３等残基构成。ｚＩＮｃ４４９８５４９６与
Ｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｏｆ２２ｌｉｇａｎｄｓｉｎｂ。ｔｈ。ｆｔｈｅ
ｔｗ。ｍｅｔｈ。孟
其中的懒氨酸残基“Ｓ１３１５和苏氨酸残基
包含总结汇报、农林牧渔、高中教育、外语学习、出国留学、IT计算机、自然科学、高等教育、教学研究以及Autodock+Vina与Discovery+Studio在虚拟筛选耐药蛋白抑制剂中的比较 等内容。本文共2页
相关内容搜索蛋白质3D建模,酶与底物分子模拟对接 autodock_中华文本库
第9页/共53页
② 催化结构域
是由9股反向平行的β股折叠构成。β折叠的顺序从帽子顶开始是24-25-17-18-19-20-21-22-16。且折叠股之间有密切的联系。活性中心的Fe是由His208、His213和Asp362、H2O形成配基（图1.3A）。形状类似于一个歪曲的八面双锥体，且丢失了一个配基。Asn201是一个状态不稳定的配基，与底物结合的时候消失，构象变化。 一个α亚基和另一个α亚基之间通过氢键和Asp205进行电子传递。
③活性中心布置
活性中心到酶表面由一道峡谷，即活性中心的入口。Gorge上方有两个环状结构，掩盖了部分入口。通道最窄的的地方包括两个组氨酸和Asn201，Phe202和Phe352，并且都是疏水氨基酸。Fe下方的活性中心口袋线性排列着Asp316、Val326、Asn363、Met366、Tyr103和一个保守的盐桥在Lys314和Glu359之间。在Gorge上方有残基Ala206、Val209、Leu217、Asn297、Leu307和Trp358。催化活性中心的Fe2+是通过Rieske 中心从铁氧化还原蛋白获得电子再生[3]。
Rhodococcussp strain NCIMB12038与Pseudomonas sp. NCIB 9816-4同源性仅为30%，但NCIMB12038也包括两个金属中心，Rieske domain和活性中心，铁原子的配位基团类似，且除表1.1所示几个关键氨基酸不同外，其它关键氨基酸皆相同。另外，二者结构最大的区别是NCIB 9816-4的N-端是meandering loop，C-端是α螺旋，而NCIMB12038的N-端是α螺旋，C-端是无α螺旋[4]。
Rhodococcussp strain NCIMB12038与Pseudomonas sp. NCIB 9816-4萘双加氧酶的不同
关键氨基酸[4]
Table 1.1 the Amino acid difference in the catalytic domain between Rhodococcussp strain NCIMB12038
and Pseudomonas sp. NCIB ]
Pseudomonas sp. NCIB 9816-4
H295 Rhodococcussp strain NCIMB1 L307 W358 N297
另外，目前已经获得晶体结构且同属于Rieske型双加氧酶的来自于鞘氨醇单胞菌属Sphingobium yanoikuyae B1的联苯双加氧酶和Pseudomonas sp. NCIB 9816-4的相似度为43.5%，但由于活性中心入口处周围侧链的差异，导致其底物入口变大；并且在形成的活性中心的21个残基中，有六个残基不同（表1.2），使其活性中心容积变大。这些结构差异导致Sphingobium yanoikuyae B1能催化五个苯环的大的多环芳烃化合物，且能利用联苯或多环芳烃萘、菲、蒽作为它们的唯一碳源。
第9页/共53页
寻找更多 ""君，已阅读到文档的结尾了呢~~
扫扫二维码，随身浏览文档
手机或平板扫扫即可继续访问
AutoDock&ADT教程
举报该文档为侵权文档。
举报该文档含有违规或不良信息。
反馈该文档无法正常浏览。
举报该文档为重复文档。
推荐理由：
将文档分享至：
分享完整地址
文档地址：
粘贴到BBS或博客
flash地址：
支持嵌入FLASH地址的网站使用
html代码：
&embed src='/DocinViewer-.swf' width='100%' height='600' type=application/x-shockwave-flash ALLOWFULLSCREEN='true' ALLOWSCRIPTACCESS='always'&&/embed&
450px*300px480px*400px650px*490px
支持嵌入HTML代码的网站使用
您的内容已经提交成功
您所提交的内容需要审核后才能发布，请您等待！
3秒自动关闭窗口