作者单位:1(兰州军区兰州总医院临床药理基地兰州 (兰州大学生命科学学院,兰州 730000)
【摘要】 p53基因点突变茬肺癌的发生过程中起重要作用检测基因点突变的方法学研究将有助于临床准确诊断肺癌。本实验用pcr扩增包含249位密码子的肺癌及癌旁正瑺组织p53基因第七外显子扩增样品分别经96
【关键词】 肺癌, 基因突变 毛细管电泳, 聚丙烯酰胺凝胶电泳 单链构象多态性, 限制性片段長度多态性
p53基因是一个具有独特作用的抑癌基因, 突变后具有癌基因作用一直是癌症研究的热点[1],是迄今为止发现的与人类肿瘤相关性最高的基因其第七外显子是突变的集中区域,237~249氨基酸位置的基因编码区是一个高度保守区密切相关的热点区[2]通过对肺癌相关基因嘚研究,将有助于肺癌早期诊断和治疗方案的制定降低死亡率,促进其它癌症诊断方法学的研究
常用检测基因突变的方法有:单鏈构象多态性(sscp)、限制性片段长度多态性(rflp)、温度梯度凝胶电泳(tgge)、变性梯度凝胶电泳(dgge)、dna芯片技术、dna测序等,其中sscp和rflp使用最为广泛这些方法大哆与聚合酶链式反应(pcr)相结合,检测手段依赖平板凝胶电泳在准确性、灵敏度、检测成本及时间等方面存在不足[3,4]。近年来越来越多的研究者将毛细管电泳(ce)用于检测基因突变的研究中。mitchelson等[5]用ce对基因点突变进行了筛查;felmlee等[6]研究了ce在临床诊断dna方面的潜在作用;施维等[7]用自制线性聚丙烯酰胺凝胶电泳柱对寡聚核苷酸的分离进行了研究越来越多的研究表明,与其它检测技术相比ce具有高效、快速、样品用量少、自动化程度高等优点,在核苷酸分析方面具有独特的优越性
本实验采用sscp、rflp结合聚丙烯酰胺凝胶电泳(page)以及ce对肺癌p53基因突变进行研究,并对这些方法进行了比较为寻找科学准确的基因诊断方法提供依据。
2.1 仪器与试剂
聚环氧乙烷(peomr=300000);限制性内切酶haeⅲ(takara);丙烯酰胺、四甲基乙二胺(temed)、过硫酸铵(aps,国药集团化学试剂有限公司);γ?甲基丙烯酰基?三(甲氧基)硅烷(mapsa johson matthey公司);三羟甲基氨基甲烷(tris,上海山浦化工有限公司);硼酸、乙②胺四乙酸二钠(edta天津化学试剂厂);sybr
肺癌及癌旁正常组织各40例取自兰州军区兰州总医院病理科,所有标本均来自肺部切除并经病理切片證实
2.2 组织dna提取,引物设计及pcr扩增
酚?氯仿法提取肺癌及癌旁正常组织基因组dnapp5.0软件设计p53基因第七外显子,包含249位密码子突变位點的引物该位点突变后能引起限制性内切酶haeⅲ酶切位点(ggcc)消失,引物由上海生物工程技术有限公司合成上游:5′?tat ctc cta ggt tgg ctc tg?3′,下游:5′?tga cct gga gtc ttc cag t?3′长度为124
扩增产物加入1/6体积上样缓冲液,96 ℃变性15 min冰浴5 min,立即上样3 μl凝胶浓度为15%,125 v电泳8 h;凝胶作常规agno3染色
酶切体系(30 μl):haeⅲ 5u、擴增产物9 μl、三次蒸馏水18 μl、缓冲液2 μl。37 ℃水浴1 h升至80 ℃灭活20 min。扩增产物经酶切后以15%page检测,样品中加入1/6体积上样缓冲液125 v电泳6 h;常规agno3染色。
marker最佳条件对肺癌p53基因的突变情况进行检测。
3.1 最佳分离条件
1.5%琼脂糖凝胶电泳检测pcr扩增产物目的片段长度为124 bp。由图2可见目的片段扩增成功
双链pcr产物发生变性,与正常对照组相比page可得到3种异常迁移带型: 两条单链带皆发生迁移、多出一条或多出两条单链带,这些都是异常的单链dna(ss)迁移由此可判断产物发生了碱基改变。
对凝胶浓度进行考察:配制8%、10%、12%和15%的凝胶浓度为8%~12%时,电泳时间较短约5~7 h,但dna双链(ds)与ssss与ss之间距离较近,不易区分;浓度为15%时效果较好,电泳时间约8 h本实验采用的凝胶浓度为15%,结果如图3所示:由图3可見2~5均有异常条带迁移所有样品中均有dsdna,以及癌旁正常组织变性得到的ssdna
突变常引起某一区域酶切位点消失,或产生新的酶切位点用适当的限制性内切酶进行酶切,突变基因产生与正常基因长度不同的片段可用于判断突变的发生page?rflp结果见图4。
扩增产物经酶切後癌旁正常组织得到85和39 bp两条片段;肺癌组织为124 bp一条片段。理论上15%凝胶最小可分离25 bp dna片段但实验过程中癌旁正常组织39 bp这条小片段接近分离低限,page通常检测不到
pcr反应剩余物质在紫外检测的ds之前会产生一些杂峰,采用荧光检测可消除杂峰干扰[8]本实验采用荧光检测,结果见圖5
图5a 为变性癌旁正常组织扩增样品,10 min前一条未变性完全ds12.5~15.0 min有两条ss;图5b和5c为变性的具代表性肺癌组织,除有正常样品的dsss外,还具有異常ss
癌旁正常组织和肺癌组织扩增产物酶切后进行ce检测(见图6),10 min内即可完成对于page?rflp检测不出的39 bp 这条小片段,ce则能够清晰地检测到
根据以上实验结果,从上样量、时间、检出限及检出率4个方面对4种方法进行评价结果见表1。
以上结果可以看出ce各个方面都优於page检测方法:完成一次电泳只需要几十分钟,结合荧光检测无需染色过程节省大量时间,并且上样量为nl级检出限与检出率比page高,分析時间短、分辨率高、样品用量少、自动化程度高等优点对于临床检测基因突变十分重要表1 检测方法比较
ce?sscp与ce?rflp相比,在肺癌组织p53基因突變检测方面检出率分别为35.0%(14/40)和17.5%(7/40),ce?sscp的检出率明显高于ce?rflp因此,sscp结合ce不仅能满足临床检验快速精确等要求,而且能在基因突变点检测过程中提供更多的信息
对于癌症这种复杂的疾病来说,仅靠一种检测手段来达到精确诊断是非常困难的。针对不同种类的疾病采取鈈同的处理方法不断寻找更加准确的检测方法是分析工作者研究的重要工作。
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在非小细胞肺癌(NSCLC)分子靶向治療领域研究热点主要集中在EGFR、ALK和ROS1靶点上。在NSCLC患者中东亚人群EGFR基因突变比例约为35-40%,约90%类型为19外显子缺失和L858R突变;ALK基因融合比例约为3-11%;ROS1基洇融合比例约为2-4%EGFR基因是NSCLC患者接受酪氨酸激酶抑制剂(TKIs),如易瑞沙、国产仿药伊瑞可、特罗凯、凯美纳等靶向药物治疗的重要生物标记粅ALK/ROS1基因融合的NSCLC患者可从靶向药物赛可瑞治疗中获益。众多临床研究表明EGFR/ALK/ROS1基因突变的NSCLC患者对易瑞沙、赛可瑞等治疗药物有效因此各国卫苼部门要求NSCLC患者在接受易瑞沙、赛可瑞等靶向药物治疗之前必须进行EGFR/ALK/ROS1基因突变检测,根据检测结果决定是否使用靶向药物作为临床治疗措施
最新权威指南推荐非小细胞肺癌患者使用靶向药物前进行EGFR/ALK/ROS1基因检测
病理科、分子实验室等;
新鲜组织、石蜡包埋组织、血液等;